解析：

（1）2013年6月，全国城镇网民数为59056－16500＝42556（万人），不可能比农村网民多42556万人，说法错误；
（2）2013年6月全国互联网普及率比2010年6月提高了44.1-31.8＝12.3（个百分点），说法正确；
（3）根据折线图可知，2010年6月至2013年6月，互联网普及率每半年较前期都有所提高，说法正确。综上，判断正确的有2个。答案选C。