解析：

与2004年相比，2008年历史学专业的毕业人数有所下降，故A项错误；2004年在校人数最多的三个专业占当年总在校人数的比例为：，故B项正确；与2004年相比，2008年理学专业和法学专业毕业生的增长率分别为：，，显然法学专业比理学专业毕业生的增长率高，故C项错误；与2004年相比，2008年文学专业和管理学专业在校人数的增长率分别为：，，显然管理学专业比文学专业在校人数的增长率高，故D项错误。故选B。