解析：

A项2009年第一季度，自然人案件同比下降49.04%，集体企业案件同比下降45.26%，正确；B项2009年第一季度，违反广告法规案件2141件，各类违法违章案件68202件，比重为3.14%，正确；C项，违反不正当竞争法规案件4944件，同比增长6.51%，错误，D项，2009年第一季度，违反不正当竞争法规案件数4944件，违反消费者保护法规案件数1644件，大于1644×3=4932，正确，故答案选C。