解析：

2003年与1985年相比，华北三省两市小学在校学生数合计增长(786.28+236.95+233.48-1054.73-109.50-17379)÷(1054.73+109.50+173.79)=-6.08%，东北三省合计增长(404.68+134.86+173.15-794.25-178.00-217.66)÷(794-25+178.00+217.66)=-40.1％，华东六省-市合计增长(1753.80+748.57+489.33-3040.98-408.56-265.50)÷(3040.98+408.56+265.50)=-19.5％：西北五省农村，县镇，城市小学在校学生数都为正增长，故合计应为正增长。比较可知，增长率最低的区域是东北三省，应选择B。