解析：

一事不再罚原则是指对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。
工商局处以罚款5000元，停业整顿的行政处罚不违反一事不再罚，可以同时适用。故选C项。
扩展阅读：《行政法》第二十四条规定：对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。一事不再罚可界定为：行政主体对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上同类（罚款）的行政处罚。也就是说，行为人的一个行为无论是违反一规范，还是数个规范，受一个行政主体管辖，还是数个行政主体管辖，可以给予两次以上的行政处罚，但如果是罚款，则罚款只能一次，另一次处罚可以是吊销营业执照或其他许可证，也可以是责令停产停业，还可以是没收等，只是不能再罚款。