解析：

“泛珠三角”经济合作区包括广东、福建、江西、湖南、广西、海南、四川、贵州、云南等八省（区）政府和香港、澳门特别行政区；本题关键信息是“其中有水系与珠江相通的省（区）”，珠江由东江、北江、西江构成，其流域涉及的省区很多。东江源于广东东部山地，其流域涉及不到闽（福建），排除A选项；川（四川）在云贵高原以北，而西江发源于云贵高原东南部，排除C选项；琼（海南）隔琼州海峡与珠江流域相望，排除D选项。
故正确答案为B。