解析：

“根源”是使事物发生的根本原因，“祸根”多指灾难的根源。本题考查的是近义词的辨析，“来源”、“源泉”多能从表面看出，而“祸根”、“根源”则需要深层次"发掘"才能发现，地下短信群发公司为垃圾短信的幕后制造者，故答案应该在“祸根”、“根源”之间选择。从“垃圾短信泛滥”来看，“祸根”词义过重，与后面“约束”明显不搭，排除C。