解析：

本题三个空均考查成语辨析。此题简要叙述了“四风”问题的现状。具有长期的过程形成，“反复性”、 “顽固性”的特征，说明它是一个深入骨髓的“陈旧观念”，已经持续了很久，基础牢固，牢不可破。 “根深蒂固”强调基础牢固；不易动摇。“盘根错节”强调事情纷难复杂。“根深蒂固”更为合适，故排除B、C选项。同理可知第二空也应该填入强调一直存在的词，因此“习以为常”更为恰当。则排除C选项。第三空用来修饰“利益纠结”，既然是纠结，则说明其利益关系复杂，很难理清，“错综复杂”强调头绪多，情况复杂。“扑朔迷离”强调不容易看清真相。对应“利益纠结”使用“错综复杂”更为正确。更加验证A项的正确。故正确答案为A。