解析：

本题属于代词指代题型，主要考察局部精读类，本题对应的解法是：文中“它”出现在第二句话，根据代词指代题的临近原则，不难发现指代对象就存在于前半句中，即“时序的完整就是一座城市的文脉和谱牒”。“它”实际上属于人称代词，通常在文段中做主语，为陈述的主体对象，根据主语话题原则可知此题中“它”指代的应该是主语，即“时序的完整”。所以，本题的答案为D选项。