解析：

材料阐述了“原子不可再分”观念的根深蒂固限制了科学家继续探索原子的事实。前两句话与后两句话是因果关系。“原子是不可再分的最小微粒，这种观念历史久远、根深蒂固，直到19世纪末期，很多有学问的科学家还坚信不移。所以原子的大门一直在禁锢着，谁也不知道，甚至谁也不想知道，原子的内部世界，究竟是个什么样子。”这一句揭示了正确选项。选项A和B的理论本身并没有什么影响到科学家对原于的认识。选项C文中未涉及。正确答案是D。