解析：

确定甲列车在行驶9分钟之后的终速度：
对于匀变速而言，终速度=初始速度+加速度×时间，
初始速度为0m/s，
故甲列车在行驶9分钟之后的速度为：0+1/18×540=30m/s（注意单位统一）；
求距离最近的时间：
设速度相等时乙列车运行时间为t秒，
根据终速度=初始速度+加速度×时间，初始速度为0m/s，
则50=0+1/18×(9×60+t)，
解得t=360秒，即6分钟。
所以，选D。