解析：

港口货物吞吐量的关键词是从水路进出港区，并经过装卸的货物。B项中从福州港驳运河砂10吨至厦门港锚地卸下，进出港口并装卸，符合定义，所以是答案。A项中从大连新港的1号码头上装10吨货物运至3号码头，没有进出港口，所以不符合定义，排除。C项中从莆田通过汽车运10吨货物进福州港区，不是从水路运输，不符合定义，排除。D项中从上海船运10吨货物，至福州港码头停靠后运往香港，货物没有装卸，所以不符合定义，排除。因此，本题答案为B选项。