解析：

“1999年东部、中部和西部分别为10089元、5407元和4217元”，因此．A是正确的；“广大中西部地区的发展迟缓，与东部地区的差距越来越大”、“西部地区农村贫困人口共1742万人，占全国农村贫困人口的61.8%”，因此，B是对的；“在2004年打破长期徘徊并增长6.8%的基础上”说明，多年来我国农业年人均纯收入基本停滞不前，2004年，才开始较快增长，C错误；“到2005年底，全国已基本取消了农业税”，D正确。根据题意选择C选项。