解析：

由文中“我们期待着抚仙湖古城之迹早日被破解”可知A项不对。B项中说抚仙湖地区的大地震是造成古城陷落湖底的根本原因。但文中并未确认公元110年东汉时期抚仙湖地区的大地震就是造成古城陷落湖底的那次大地震。C项错误，因为“水下考察时没有发现任何动植物残骸及陶瓷、砖瓦的残片”。文中最后一段“但从水下建筑群石料的打制方式来看，湖中古城与滇中发现的古长城颇为相似，应与其处于同一年代，即距今约两千年前。”可知D项正确，所以选D项。