解析：

由“尽管大型农业机械的投资甚高，但年总收入扣除成本后仍然能够获得较高的利润”可知，大型农业机械的投资虽高但利润也很高，投资并不等于投入，它只是投入的一方面，排除A、C两项。而D项则不是大型农业机械的主要缺点。由“以短期市场经济效益为目标的耕作方法显示出愈来愈多的局限性。从对水资源的利用和水质保护的角度出发，许多现有的耕作方法必须加以改进，化肥和农药的使用必须同时考虑经济和环境效益。”可知，B项最符合题意。