解析：

A项：“十三五”时期是“两个一百年”中的第一个百年，也就是建党100周年的收官阶段，第二个百年是建国100周年，而新中国成立是1949年，时间明显不对，排除。
B项：《“十三五”规划建议》只是对今后的工作进行规划建议，并非一个完整论述改革理论的方案，排除。
C项：我国社会主要矛盾没有发生变化，依然是人民日益增长的物质文化需要和落后的社会生产之间的矛盾，排除。
D项：《“十三五”规划建议》提出并阐述了“创新、协调、绿色、开放、共享”的五大发展理念，当选。
故正确答案为D。[2016年江苏《行测》真题]