解析：

范式是符合某一种级别的关系模式的集合。关系数据库中的关系必须满足一定的要求，满足不同程度要求的为不同范式。
第一范式：数据库中每一个属性都不可再分（不可以用多重值）。
第二范式：关系模式是第一范式，并且必须要有主键，同时每个非主属性完全依赖于主键，不存在部分依赖。
第三范式：关系模式是第二范式，并且不存在非主属性对主键的传递依赖（在关系模式中，如果X→Y，Y→Z，且Y不决定X和Z不属于X，那么X→Z是传递依赖）。
BCNF范式：所有属性都不传递依赖于关系的任何候选键。

本题中，关系模式R满足第二范式，但（书店编号，书籍编号）→部门编号，（书店编号，部门编号）→部门负责人，（书店编号，书籍编号）→库存数量。因为R中存在着非主属性“部门负责人”对候选码（书店编号，书籍编号）的传递依赖，因此不满足第三范式。故本题答案为A。